1860年(咸豐十年)
十二月十八日  僧格林沁奉命率清軍抵
東昌布防，以阻捻軍在魯西活動。  
本年  魯西20多縣農民進行抗糧斗爭，迫使各知縣答應免糧。

1861年(咸豐十一年)
二月十九日  宋景詩與邱莘教起義軍首領楊泰等潛入冠縣縣城，劫牢反獄，焚毀縣署，殺死縣官。3日后，宋景詩在聊城縣沙鎮(zhèn)劉家河起義，萬人響應，號黑旗軍。宋景詩黑旗軍與邱莘教起義軍40余天連克13座縣城。   
四月  清政府派兵部右侍郎勝保率兵鎮(zhèn)
壓魯西農民起義軍。楊泰帶領邱莘教起義軍與清軍周旋，后敗走莘縣。六月五日，莘縣被清軍攻占，楊泰在突圍中陣亡。宋景詩黑旗軍3次攻打東昌，重挫清軍，六月九日遭到清軍包圍，被迫“招撫”。    
八月十四日  博平民團首領胡德俊因抗
糧被富豪胡玉瑯的家奴刺死。博平、茌平、清平3縣民團聚眾為其報仇，沖進博平，搗毀衙門，焚燒堂室，縣官逃遁，兇手被懲。
十月  在范縣長槍會的配合下，捻軍萬余名將士搶渡黃河，于觀城、朝城等地大敗清軍。    
十二月  邱莘教起義軍余部在壽張、莘縣遭清軍追擊，死傷慘重，至此起義失敗。

1862年(清·同治元年)
    六月  邱莘教紅旗軍余部500人于莘縣馬連寺再次舉行起義。
    十二月二十九日  張錫珠帶領起義軍由堂邑轉戰(zhàn)朝城，擊潰清軍的阻擋，打死打傷朝
城團練0．1萬余人。朝城、觀城、莘縣各地起義軍與之呼應。
    秋  莘縣、陽谷遭受蝗蟲災害，晚秋作物顆粒未收。

1863年(同治二年)
二月  “招撫”清軍的宋景詩以“鎮(zhèn)壓東昌起義軍”為名，招募兵勇0.l萬余名。

四月，宋景詩再次率部起義，攻打柳林、范寨，大敗團練。

七月，相繼重挫前來鎮(zhèn)壓的清軍丁寶楨部和劉長佑部。

八月，僧格林沁奉命率清軍攻占甘官屯，宋景詩黑旗軍敗走開州與捻軍會合。      
三月  原投降清軍的邱莘教起義軍數(shù)千人再次起義，摹縣、朝城、觀城、范縣、壽張等縣農民紛紛響應。

五月，起義軍轉戰(zhàn)茌平、高唐一帶，后被清軍圍剿而失敗，首領張玉懷遇害身亡。
五月  捻軍數(shù)千人由禹城進入高唐活動，八月于李莊殺死監(jiān)生劉廷紳等人。
本年  江南甘泉人曹炳輝任東昌府知府。

1864年(同治三年)
二月  山東巡撫閻敬銘調東昌駐軍一營鎮(zhèn)壓山西回民起義。
十月二十一日  戌時，聊城上空出現(xiàn)一火球，尾帶火光數(shù)尺，由東北向西南方向墜落，屋瓦震動，紙窗作響。   

1865年(同治四年)
   五月十八日  宋景詩率領黑旗軍配合捻軍在曹州(今菏澤)城西將清軍僧格林沁部包圍，殺死僧格林沁，大獲全勝。

   五月二十一日  山東巡撫閻敬銘赴東昌，急調當?shù)伛v軍及陽谷、朝城等縣民團在黃河北岸布防，以堵截捻軍渡河北上。六月八日，捻軍強渡黃河，沖破清軍及民團堵截，攻克張秋鎮(zhèn)。十日，閻敬銘與直隸總督劉長佑調兵遣將，加強巡防，以防捻軍繼續(xù)北上。
    六月  清政府三口通商大臣崇厚來東昌籌辦防務，調集“洋槍隊”駐陽谷縣阿城，英國人貝格民日斯為教官。
    本年  江西南城人李熙齡任東昌府知府。

1866年(同治五年)
    五月  東捻軍在張秋鎮(zhèn)附近偵察黃河、運河，準備繼續(xù)渡河北上。崇厚調集“洋槍隊”駐防張秋。
    秋  壽張縣境內出現(xiàn)縮筋病，死亡者甚多。
    本年  福建閩縣人龔易岡任東昌府知府。

1867年(同治六年)
    三月  東捻軍強渡黃河入壽張境，沿運河北上。山東巡撫丁寶楨設防無效，清軍節(jié)節(jié)敗退。清政府為此將丁寶楨嚴加懲處。
    六月  賴文光、任柱率東捻軍于東平縣戴廟大敗清軍，摧毀清軍運河防線，打死東阿知縣周毓南、團練長劉鴻賓等。    
    八月四日  丁寶楨派兵駐臨清、館陶等地鎮(zhèn)壓直隸起義軍。
    秋  陽谷縣霍亂流行，死者甚眾。

1868年(同治七年)
    二月  張宗禹率西捻軍至臨清援救東捻軍，丁寶楨去臨鎮(zhèn)壓。
    四月  張宗禹率捻軍第四次攻打茌平，殺死清軍及團丁千余人。
    七月  各路清軍圍剿捻軍，因眾寡懸殊捻軍屢戰(zhàn)失利。
    八月十四日  淮軍劉銘傳飛郭松林等分路圍攻西捻軍于高唐縣南鎮(zhèn)，捻軍被圍于徒駭河、黃河、運河之間，張宗禹遇難，余部投降。至此，歷時16年的捻軍反清斗爭最后失敗。
    本年    浙江錢塘人姚濟棟任東昌府知。
    Δ   江蘇武進人程繩武任東昌府知府。

1869年(同治八年)
    七月三十一日  直隸起義軍在臨清遭清軍鎮(zhèn)壓，復回直境。
    十二月十一日  茌平原邱莘教首領孫上汶等被丁寶楨捕獲殺害。
    本年  張秋鎮(zhèn)民眾挑浚運河淤墊，并于翌年筑起運河大堤。